研究所：水产研究所、附属农场、原子力研究所（成立于1960年，在该研究所诞生了日本个民间原子炉。目前近畿大学仍为日本唯一一所拥有原子炉的私立大学。）、分子工学研究所、理工学综合研究所、产业·法律情报研究所、人权问题研究所、国际人文科学研究所、名俗学研究所、药学综合研究所、日本文化研究所、资源再生研究所、先端技术综合研究所、次世代基盘技术研究所（原工业技术研究所）、生命科学研究所、东洋医学研究所、肿疡免疫等研究所。
图书馆：中央图书馆、农学部图书馆、医学部图书馆、生物理工学部图书馆、工学部图书馆、产业理工学部图书馆。
医学部附属机构：附属医院（大阪府大阪狭山市）、堺医院（大阪府堺市）、奈良医院（奈良县生驹市）、关西国际机场诊疗所（大阪府泉佐野市关西国际机场内）、日本桥诊疗所（大阪府大阪市）。
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