东京大学本科阶段设有以下学部，分别是：
农学部
Faculty of Agriculture
文理学院
College of Arts and Sciences
经济学部
Faculty of Economics
教育学部
Faculty of Education
工程学部
Faculty of Engineering
法学部
Faculty of Law
文学部
Faculty of Letters
医学部
Faculty of Medicine
药学部
Faculty of Pharmaceutical Sciences
理学部
Faculty of Science
东京大学设有以下研究生院，分别是：
农业与生命科学学院
Graduate School of Agricultural and Life Sciences
文理学院
Graduate School of Arts and Sciences
经济学院
Graduate School of Economics
教育学院
Graduate School of Education
工程学院
Graduate School of Engineering
前沿科学学院
Graduate School of Frontier Sciences
人文与社会学院
Graduate School of Humanities and Sociology
信息科学与技术学院
Graduate School of Information Science and Technology
交叉学科信息研究学院
Graduate School of Interdisciplinary Information Studies
法学与政治学院
Graduate Schools for Law and Politics
数学科学学院
Graduate School of Mathematical Sciences
医学院
Graduate School of Medicine
药学院
Graduate School of Pharmaceutical Sciences
公共政策学院
Graduate School of Public Policy
理学院
Graduate School of Science